コバヤシ少年は中学2年生になった今日まで、生きる喜びを感じたことがありませんでした。それは死んでいるも同然のことです。
ある日、彼はオブジェと化した死体の前で目を覚ましました。なんとそれは殺された担任の教師ではありませんか。コバヤシ少年は真っ先に警察に疑われ、容疑者として逮捕されてしまいました。
証拠不十分で釈放となったコバヤシ少年は、アケチ探偵の元を訪れます。彼は17歳でありながら、政府から許可証を得た少年探偵なのです。
さあ今ここに、謎の「人間椅子」をめぐって、コバヤシ少年とアケチ探偵の推理が始まるのです。

釈放されたコバヤシ少年でしたが、学校では彼を見る目に変化が起きていました。誰もがコバヤシ少年を疑っているのです。ですがただ一人、友人のハシバ君だけはコバヤシ少年を信じて庇ってくれます。彼はハシバ財閥の御曹司で生徒会長でクラス委員という、素晴らしい少年です。
ハシバ君は真犯人を見付けるため、コバヤシ少年に協力します。ですが、謎も多く性格が陰険なアケチ探偵のことはよく思っていないようです。
そして三人はついに、真犯人を追い詰めます。果たして、犯人の目的はなんだったのでしょうか？ なぜ人間を椅子になどしたのでしょうか？ 今、おぞましい真実が語られるのです。

世間を騒がす怪盗「怪人影男」は変装の天才で、どんな人物にでも変装できます。ただし自らに科した定めで少女にだけ変装できないのは、彼が全ての少女をとても愛しているからです。警察は今起きている連続少女誘拐事件の犯人だと疑っていました。
その日、アケチ探偵に影男を捜査するよう警察から依頼がきたのですが、彼は影男に興味がないという理由で依頼を断ってしまいました。
しかし謎の怪人に興味津々のコバヤシ少年は、独自に調査することを心に決めました。
ところが、影男の方がコバヤシ君に会いにきてしまうのです。なぜ、彼は姿を現したのでしょうか？
なんと影男は真犯人を捕まえるために、コバヤシ少年に女装して欲しいと言うではありませんか！

3年前、正体を隠して法で裁けぬ悪人を天誅をする「怪人二十面相」事件がありました。模倣犯も続出した大事件です。
人々が事件を忘れかけた今、新たな怪人二十面相が出現したのです。
新たな怪人二十面相は、刑を免れ釈放された悪人たちをとても惨い方法で殺し、それを世間に晒すのです。後ろめたい気持ちがある悪人たちは、次は自分が狙われるのではないかと恐怖に震え上がりました。
この二十面相の正体は何者なのでしょうか？ ひょっとしたら本物の二十面相が戻ってきたのかもしれません。
アケチ探偵は、二十面相の裏をかくために、ある作戦を実行します。果たしてアケチ探偵は二十面相を掴まえることができるのでしょうか？

かつて次々と現れた仮面の男たちは皆、法で裁けぬ犯罪者を追い、見返りを求めずに被害者の恨みを晴らしていました。それは違法なことなのですが、人によっては英雄的行為とも取れました。仮面を手にすれば誰もが怪人二十面相になれるのです。
凄惨な事件を巻き起こした犯人から恐ろしい真相が語られます。なぜ彼は怪人二十面相になってしまったのでしょうか？
そして何より不可解なのは、これだけの殺人を行っていながら、なぜ彼は彼がもっとも忌むべき人物だけを殺していないのでしょうか？

その日、アケチ探偵事務所の軒先に子猫が捨てられていました。普段人間には心を開かないコバヤシ少年ですが、この子猫のことは好きになりました。ところが家主であるアケチ探偵の方は猫アレルギーだったのです。
コバヤシ少年が渋々子猫を捨てにいこうとすると、今度は縛られた影男が捨てられていました。なんと彼の体には時限爆弾が括り付けられていたのです。
果たしてコバヤシ少年たちは子猫と影男を見捨てずに助けることができるのでしょうか？ あるいは、助けないのでしょうか？
更にあろうことか、今度はアケチの子供だと書き置きされた赤ん坊までもが、軒先に捨てられているではありませんか？ 一体アケチ探偵事務所に何が起こっているのでしょうか？

それは男の夢だったのかもしれません。世の全ての男の夢をカタチにした芸術的理想、究極のテーマパーク……パノラマ島。
大リゾート地として開発が進むこの施設で、新たな二十面相による殺人が行われました。
殺されたのは、事業主とアートディレクター。黒蜥蜴の情報によると、事業主達は相当にたちが悪い工事計画を進めており、恨まれるのは当然のようです。容疑者は無数、アケチ探偵とコバヤシ少年は果たして犯人を見つけることが出来るのでしょうか？
そして、どうしてアケチ探偵は二十面相事件になると、ここまで頑なになるのでしょうか？ 彼は全ての二十面相を狩るつもりなのでしょうか？

ユートピアを作る妄念に取り憑かれた男たちは無残に殺されました。それは誰の復讐だったのでしょうか？
アケチとコバヤシの推理により、パノラマ島に隠された恐るべき殺人計画が明かされるのです。その真実はあまりにも惨く、怒りと悲しみの連鎖は無限に続きます。
だから二十面相は生まれ続ける。無限連鎖の檻の中で、焦燥したアケチはコバヤシに自身の過去を明かします。3年前、彼と彼の友人に起きたとある出来事を。今日に至る全ての始まりを。
初めて語られるアケチの過去に、コバヤシ少年とハシバ君はどう向き合うのでしょうか？

二十面相拡大のドミノ。まるで定められていたことのように、二十面相のフォロワーが増え続け、社会問題となっていました。
その日、アケチ探偵の元に、二十面相の『後継者』を名乗る人物から挑戦が届きました。後継者は相当に狡猾な人物のようで、予告はSNSに拡散されてしまい、アケチと後継者との対決は注目を浴びることになってしまうのです。
対決の日が迫ります。後継者のターゲットは、先端神経医学カンファレンスに招待された医師たち。人々を救う彼らが、どうしてターゲットにされてしまったのでしょうか？ ここまでの大舞台を用意した後継者の本当の目的は？
社会を激震させる事件が今、起きようとしているのです。

彼女の明るい笑顔は嘘だったのでしょうか――？
アケチ探偵は驚きを隠せません。今始めて彼は、己の予見を超えた事態に直面しているのです。彼が思い知らぬ所で悪魔の計算式は書き換えられていたのです。
二十面相の後継者とは最も意外な人物でした。彼女は3年前の始まりの日から今日までずっと、計画が芽吹く瞬間を待っていたのです。世界を呪いながらじっと堪え忍び、計画の経過を見守っていたのです。
多発するフォロワーたちの働きで二十面相事件の波紋は広がり、ここに機が満ちました。人々の前に、かの日に焼死したはずの彼がついに姿を現しました。
計算式を書き換えたのは彼なのでしょうか？ 書き換えられた計算式は世界に何をもたらすのでしょうか？
コバヤシ少年の心はざわざわと……踊っていました。

人々の心に傷を残すための『暗黒星』――。
二十面相の遠大な計画が、最終段階に至りました。警察が手をこまねいている間にも、二十面相に共感した少年少女たちが自ら進んで身を投げます。それは力なき者の最後の訴え、現世（うつしよ）を変革するための悲しい働きかけ。その様は全国に中継され、人々は思い知るのです。今日まで目を背けていたことを。
嗚呼そして、聡明であるということは何と残酷なことなのでしょうか。コバヤシ少年までもが自ら断頭台に立つではありませんか。彼は本当に二十面相の考えに賛同してしまったのでしょうか？
アケチ探偵は、二十面相の声明によって時の人となっしまい理不尽な批難を受けます。
憤りの中、アケチ探偵は二十面相の元へ走ります。しかし、理性を失いさながら地獄と化した世界で、何を救い、何を裁けばよいのか？ ゲームに巻き込まれたのは世界だったのか、それともアケチ探偵だったのでしょうか？
この悪夢の終わりに、勝者は何を手にしているのでしょうか？
少年は叫ぶ――。