不死の怪物・カバネが顕金駅を襲った。顕金駅で暮らす蒸気鍛冶の少年・生駒は、逃げ惑う人々の波に逆らって走り出した。
密かに開発した武器――ツラヌキ筒でカバネと戦うつもりだ。彼自身の過去と、誇りのために。

なんとか助かった生駒は、顕金駅に唯一残された駿城――甲鉄城に向かう。
一方、カバネの中に取り残された菖蒲たちの前に、幼い少女・無名が現れた。
彼女はその超絶の戦闘力で、甲鉄城への脱出路を切り開いていく。

顕金駅を脱出した甲鉄城は、幕府の要害――金剛郭を目指す。
しかし、甲鉄城の人間たちは早くも内部対立し、生駒たちカバネリを追い出そうとする。
急遽リーダーになった菖蒲にそれを治める力はなくて……。

生駒と無名は民衆によって最後尾車両に閉じ込められてしまう。
それは甲鉄城の戦力の弱体化を意味していた。
ちょうどそこにカバネが襲ってくる。
しかも中には、戦いを重ねて強くなったカバネ――ワザトリがいて……。

カバネに滅ぼされた八代駅で、甲鉄城は生存者を拾った。
生存者の中には無名の昔なじみ榎久がいた。彼は甲鉄城に馴染み始めた無名を弱くなったと指摘する。
焦った無名は、自ら無謀な戦いを選択し、窮地に陥ってしまう。

甲鉄城は巨大なカバネの塊――黒けぶりを前に立ち往生していた。
一方、生駒と無名は廃駅の底に落ちていた。周囲はカバネ、無名はガレキの下敷き、援護は望めないという絶望的な状況で、それでもなお生駒は前を向いた。

顕金駅を出てから初めて、甲鉄城は人の暮らす駅――倭文駅に着いた。生駒たちは買い出しに出かけ、久しぶりの平安を味わう。一方、菖蒲は倭文駅に食料を分けてくれるよう交渉する。しかし、どの駅も食料は貴重で……。

無名の慕う兄様は、カバネを狩る特殊部隊――狩方衆を率いる美馬だった。だが、人々から英雄と讃えられる美馬のことを、生駒は信じられない。彼こそが、無名をカバネリにした元凶だったからだ。

甲鉄城は金剛郭へ至る最後の砦−−磐戸駅に到着する。
幕府は、民衆の声望を集める美馬を警戒し、金剛郭への道を閉ざそうとするが、美馬は磐戸駅の領主に会談を求め……。
ついに、美馬と狩方衆による倒幕が始まったのだ。

克城に連結された甲鉄城では、逞生たちが狩方衆の厳しい管理下に置かれ、血を採取されていた。絶望する人々の中で、生駒は諦めず反攻作戦を企図する。自由と誇りと、無名を取り戻すために。

美馬は、父親である現将軍・興匡と10年ぶりの再会を果たす。
その裏で無名のヌエを準備しつつ。
一方、なんとか一命を取り留めた生駒だったが、自信と気力を失い、心が縮こまっていた。
カバネを見ても怯えることしかできない生駒だが……。

美馬の計略と、ヌエとなった無名、そして流入したカバネにより、金剛郭は崩壊しつつあった。そこに生駒が到着する。
自らの体を再び改造した生駒は、無名を救うために、敵だらけの金剛郭に踏み込んでいく。